Šališkių girininkiją 1915 m. įkūrė vokiečiai turėdami tikslą kuo daugiau medienos išvežti į Vokietiją. Anksčiau dalis miškų priklausė grafui Tiškevičiui, kita dalis buvo valdiški (caro).

Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, pertvarkant Lietuvos miškų administravimą, girininkija buvo atkurta 1928 m., pirmas girininkas buvo Napoleonas Mažylis.
Pokario laikotarpiu girininkijos teritorijoje vyko stipri partizaninė kova. Yra keletas kovotojų kapaviečių.

Girininkijos plotas - 5010 ha: valstybinai miškai - 3806 ha (76%), privatūs ir privatizuotini - 1204 ha (24%). Vyraujantys medynai: pušynai - 22%, juodalksnynai - 24%, eglynai - 21%, beržynai - 32%, kiti lapuočiai - 1%.

Yra trys eiguvos, vidutinis eiguvos plotas 1269 ha.

Dažniausia mišrūs lapuočių su egle medynai.

Didelis dėmesys girininkijoje yra skiriamas miškų atkūrimui. 1967 m. įveista viena iš pirmųjų Lietuvoje paprastosios pušies sėklinė plantacija. Girininkijoje yra aukščiausias Lietuvoje pliusinis beržas.